黑塔空间站的宝箱主要分布在基座舱段、收容舱段和支援舱段三个区域，总计39个宝箱。基座舱段共有10个宝箱，集中分布在建筑入口货物区、平台区域以及通道门口等位置，其中部分宝箱需要完成特定任务或击败守卫怪物才能获取。该区域宝箱奖励包含150个黑塔币，探索时需注意楼梯转角等隐蔽位置。
收容舱段是宝箱数量最多的区域，共有16个宝箱，可获取250个黑塔币。该区域宝箱分为地图显示和非显示两类，部分需要通过解谜或战斗解锁。该区域存在次元扑满特殊宝箱，若未及时击败会消失，需重新传送触发。二层区域的宝箱需通过特定机关进入，如连续互动咖啡机可传送到隐藏楼层。
支援舱段包含13个宝箱，奖励200个黑塔币。该区域宝箱与主线任务关联紧密，其中9号宝箱需完成触不可及任务，10-13号宝箱需完成人非草木系列任务。电力室和备件库房是重点搜索区域，部分宝箱位于拟造花萼附近或需要解除斥力桥谜题才能抵达。探索时建议优先推进主线任务以解锁全部宝箱点位。
空间站内存在三类特殊宝箱机制：次元扑满需即时战斗获取，任务关联宝箱需完成对应剧情，解谜类宝箱需操作机关装置。建议按照基座→收容→支援的顺序系统探索，利用地图左上角宝箱计数器查漏补缺。部分区域存在视觉盲区，如绿植后方、展台下方等位置需仔细勘察。
